Aby woda w oczku była czysta, nie wystarczy odpowiednio dobrać rośliny i zainstalować filtry lub sterylizator.

Co trzy, cztery lata oczko wodne trzeba czyścić z gromadzącego się przy dnie mułu. Składa się on głównie z rozkładających się resztek roślin i podłoża oraz resztek pożywienia nie zjedzonego przez ryby.

Mieszanina takich składników łatwo ulega fermentacji i może zatruwać zwierzęta żyjące w wodzie. Przed przystąpieniem do czyszczenia dna, warto kupić pompkę, przeznaczoną do bardzo brudnej wody. Za jej pomocą należy opróżnić oczko z wody i szlamu, jaki pozostanie po oczyszczeniu brzegów.

Jeziorka zazwyczaj nie da się opróżnić do końca. Przy dnie muł jest tak gęsty, że pompa może go nie zassać. Wówczas należy usunąć wszystkie rośliny ze stawu,
i silnym strumieniem wody spłukać osad, który nagromadził się na brzegach. W ten sposób pozostały na dnie muł zostanie rozcieńczony i łatwiej będzie go wypompować.

Jeśli spłukiwanie wężem nie usunie osadu, należy wejść do opróżnionego jeziorka
i umyć jego brzegi szczotką. Trzeba jednak uważać, by nie uszkodzić folii, którą wyłożone jest dno oczka. Po tak przeprowadzonym czyszczeniu oczko można ponownie napełnić wodą, umieścić w nim rośliny i wpuścić rybki.